فحص الملوثات هو برنامج أخذ عينات من الشواطئ على مستوى الحوض تم وضعه بواسطة ROPME ويتم تنفيذه بالتعاون مع MEL/IAEA كمشروع تكميلي لرحلات المحيطات، بحيث يتم أخذ عينات من المياه، والرواسب، والكائنات الحية في المناطق الساحلية بشكل دوري لتحديد حالة الملوثات. حتى الآن، تم إجراء الفحص خمس مرات، في سنوات 1994، 1997، 1998، 2000/2001 و 2005، مما أسفر عن قاعدة بيانات لا تقدر بثمن عن الملوثات وتقارير لدى ROPME.
على وجه الخصوص، تم إجراء مسوحات للمعادن الثقيلة والملوثات العضوية في الرواسب والكائنات الحية في البحرين والكويت والإمارات العربية المتحدة (يونيو 1994)، وفي الجمهورية الإسلامية الإيرانية وعمان وقطر (1997)، وفي الكويت والمملكة العربية السعودية (أكتوبر 1998)، وفي قطر والإمارات العربية المتحدة (مارس 2000)، وفي البحرين (نوفمبر 2000) وفي عمان (أغسطس 2001)، بالإضافة إلى المسح الشامل الذي تم بين فبراير ومارس 2005 لنفس المواد المستهدفة في المواقع الساحلية الرئيسية لجميع دول الأعضاء في ROPME. بالإضافة إلى ذلك، تم تقدير الميثيل الزئبقي في الرواسب والكائنات الحية خلال عام 1994 (بح-كو-إمارات) وعام 1998 (كو-سعودية)؛ والعضويات العضوية في الرواسب والكائنات الحية خلال عام 2000-2001 (بح-قطر-إمارات-عمان)؛ والستيرولات البرازية في الرواسب خلال عام 1994 (بح-كو-إمارات) وعام 1998 (كو-سعودية).
